Fraunhofer-Institut für Zelltherapie und Immunologie, Institutsteil Bioanalytik und Bioprozesse IZI-BB
Fraunhofer-Institut für Zelltherapie und Immunologie, Institutsteil Bioanalytik und Bioprozesse IZI-BB

Dr. Marcus Menger

leitet die Abteilung Zellfreie und Zellbasierte Bioproduktion kommissarisch sowie die Arbeitsgruppe Funktionelle Nukleinsäuren - Aptamere

 

© Fraunhofer IZI-BB

Wissenschaftlicher Fokus und Expertise:

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Wissenschaftlicher Werdegang
Seit 05/2022 Abteilungsleiter (komm.) „Zellfreie und Zellbasierte Bioproduktion“ am Fraunhofer IZI-BB, Potsdam
Seit 03/2015

Gruppenleiter „Funktionelle Nukleinsäuren – Aptamere“ am Fraunhofer IZI-BB, Potsdam
2009 – 2015 Abteilungsleiter „Funktionelle Nukleinsäuren – Aptamere“ in der RiNA GmbH, Berlin
2002 – 2009 Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Abteilung „Funktionelle RNA“ bei der RiNA GmbH, Berlin
2002 Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Abteilung „Analytische Biochemie“ am Institut für Biochemie und Biologie an der Universität Potsdam
2001 – 2002 Projektleiter „PCR“ in der ARCENSUS AG, Berlin
2000 – 2001 Wissenschaftlicher Mitarbeiter in der GAIFAR (German-American Institute for Applied Biomedical Research) GmbH, Potsdam

Ausbildung
1999

Promotion (Dr. rer. nat.) an der Georg-August Universität  in Göttingen,

Thema: „2-Aminopurin als Fluoreszenzindikator zur Analyse der Struktur und Dynamik von Oligoribonukleinsäuren und Hammerhead-Ribozymen“
1993 - 1999

Wissenschaftlicher Mitarbeiter in den Abteilungen „Biochemische Kinetik“ und „Biomolekulare Dynamik“ am Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Göttingen
1994

Diplom-Chemie an der Georg-August Universität in Göttingen,

Thema: „Struktur und Dynamik von DNA-Doppelhelices“ 
1988 - 1994 Studium „Diplom-Chemie“ an der Georg-August Universität in Göttingen
1988 Abitur am Städtischen Gymnasium, Beverungen
Mitgliedschaften
Direktor im Exekutivausschuss der Internationalen Gesellschaft für Aptamere (INSOAP)
Mitglied in der Deutschen Nukleinsäurechemiegemeinschaft e.V. (DNG)
Mitglied in der Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie (GBM)
Mitglied in der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh)

Marcus M. Menger - ORCID: 0000-0002-6856-6663
  • Menger M. M., Yarman A., Oktay A., Scheller F.W. (2023), Molekularer Abdruck oder Selektion bei der Erzeugung biomimetischer Specifyer, BIOspektrum (Heidelb.), 29 (7), 806-809, https://doi.org/10.1007/s12268-023-2064-y
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  • Mayer, G., & Menger, M. M. (2023). Preface. In G. Mayer & M. M. Menger (Eds.), Nucleic Acid Aptamers: Selection, Characterization, and Application (Methods in Molecular Biology, vol 2570, 2 ed., pp. V-VI). Humana, New York. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2695-5
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  • Dreymann, N., Möller, A., & Menger, M. M. (2023). Label-Free Determination of the Kinetic Parameters of Protein-Aptamer Interaction by Surface Plasmon Resonance. In G. Mayer & M. M. Menger (Eds.), Nucleic Acid Aptamers: Selection, Characterization, and Application (Methods in Molecular Biology, vol 2570, 2 ed., pp. 141-153). Humana, New York. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2695-5_11
  • Schmidt, C., Kammel, A., Tanner, J. A., Kinghorn, A. B., Khan, M. M., Lehmann, W., Menger, M., Schedler, U., Schierack, P., & Rödiger, S. (2022). A multiparametric fluorescence assay for screening aptamer–protein interactions based on microbeads. Scientific Reports, 12(1), 2961. https://doi.org/10.1038/s41598-022-06817-0
  • Sabrowski, W., Dreymann, N., Möller, A., Czepluch, D., Albani, P. P., Theodoridis, D., & Menger, M. M. (2022). The use of high-affinity polyhistidine binders as masking probes for the selection of an NDM-1 specific aptamer. Scientific Reports, 12(1), 7936. https://doi.org/10.1038/s41598-022-12062-2
  • Dreymann, N., Wuensche, J., Sabrowski, W., Moeller, A., Czepluch, D., Vu Van, D., Fuessel, S., & Menger, M. M. (2022). Inhibition of Human Urokinase-Type Plasminogen Activator (uPA) Enzyme Activity and Receptor Binding by DNA Aptamers as Potential Therapeutics through Binding to the Different Forms of uPA. International Journal of Molecular Sciences, 23(9). https://doi.org/10.3390/ijms23094890
  • Dreymann, N., Sabrowski, W., Danso, J., & Menger, M. M. (2022). Aptamer-Based Sandwich Assay Formats for Detection and Discrimination of Human High- and Low-Molecular-Weight uPA for Cancer Prognosis and Diagnosis. Cancers, 14(21). https://doi.org/10.3390/cancers14215222
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  • Kutovyi, Y., Hlukhova, H., Boichuk, N., Menger, M., Offenhäusser, A., & Vitusevich, S. (2020). Amyloid-beta peptide detection via aptamer-functionalized nanowire sensors exploiting single-trap phenomena. Biosensors and Bioelectronics, 154, 112053. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.bios.2020.112053
  • Sass, S., Stöcklein, W. F. M., Klevesath, A., Hurpin, J., Menger, M., & Hille, C. (2019). Binding affinity data of DNA aptamers for therapeutic anthracyclines from microscale thermophoresis and surface plasmon resonance spectroscopy. Analyst, 144(20), 6064-6073. https://doi.org/10.1039/C9AN01247H
  • Hlukhova, H., Menger, M., Offenhäusser, A., & Vitusevich, S. (2018). Highly Sensitive Aptamer-Based Method for the Detection of Cardiac Biomolecules on Silicon Dioxide Surfaces. MRS Advances, 3(27), 1535-1541. https://doi.org/10.1557/adv.2018.332
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  • Menger, M., Yarman, A., Erdőssy, J., Yildiz, H. B., Gyurcsányi, R. E., & Scheller, F. W. (2016). Mips and Aptamers for Recognition of Proteins in Biomimetic Sensing. Biosensors, 6(3). https://doi.org/10.3390/bios6030035
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  • Menger, M., Eckstein, F., & Porschke, D. (2000). Dynamics of the RNA Hairpin GNRA Tetraloop. Biochemistry, 39(15), 4500-4507. https://doi.org/10.1021/bi992297n
  • Menger, M., Eckstein, F., & Porschke, D. (2000). Multiple conformational states of the hammerhead ribozyme, broad time range of relaxation and topology of dynamics. Nucleic Acids Research, 28(22), 4428-4434. https://doi.org/10.1093/nar/28.22.4428
  • Menger, M. (1999). 2-Aminopurin als Fluoreszenzindikator zur Analyse der Struktur und Dynamik von Oligoribonukleinsäuren und Hammerhead-Ribozymen [PhD Thesis, Georg-August-Universität]. Göttingen, Germany.
  • Menger, M., Tuschl, T., Eckstein, F., & Porschke, D. (1996). Mg2+-Dependent Conformational Changes in the Hammerhead Ribozyme. Biochemistry, 35(47), 14710-14716. https://doi.org/10.1021/bi960440w

 

Patente

 

MENGER, Marcus; DREYMANN, Nico; WÜNSCHE, Julia: DNA APTAMERS AND THEIR USE IN (PRE)DIAGNOSIS OF CANCER. WO2023031418A1

Methoden

Methoden zur Entwicklung von Funktioneller Nukleinsäuren für die Umwelt- und Lebensmittelanalyse, Diagnostik und Therapeutik:

  • Verfahren zur Generierung hochaffiner und hochspezifischer RNA- und DNA-Aptamere
    • Automatisiertes In-vitro-Selektionsprozess (SELEX) zur Anreicherung von Target-affinen Nukleinsäure-Pools
    • Monitoring- und Managing-Verfahrens zum SELEX -Prozess
  • Sequenzanalyse von Nukleinsäuren
    • Analyse der Diversität von Nukleinsäure-Pools (DANA)
    • Sequenzierung der nächsten Generation (NGS) von Nukleinsäure-Pools
    • Bioinformatische Sequenz-Analyse
  • Charakterisierung und Optimierung von Nukleinsäuren
    • Fluoreszenz-basierter Aptamer Bindungsassay (FLAA)
    • Oberflächenplasmonresonanz (SPR) Bindungsstudien
    • Mikroskalige Thermophorese (MST) Bindungsstudien
    • Isothermische Titrationskalorimetrie (ITC) Bindungsstudien
    • Durchflusszytometrie (FACS) Bindungsstudien
    • Initiale Strukturanalyse von Nukleinsäuren
  • Synthese von Nukleinsäuren, insbesondere RNA- und DNA-Aptamere, inkl. deren chemischer Modifikation
    • Anbindung von funktionellen Gruppen und Spacer-Molekülen
    • Einbau von Nukleotid-Analoga
  • Entwicklung von Nukleinsäure-Applikationen
    • Aptamer-basierte Assays (ELONA, ELASA, ALISA, etc.)
    • Aptamer-basierte Streifentest (LFD)
    • Aptamer-basierte Biosensoren (Aptasensoren)
    • Aptamer-basierte Reinigungsverfahren
    • Molecular Beacons Assays